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根据《自治区党委、人民政府关于自治区党委和自治区人民政府机构设置的通知》（新党委字〔２０００〕２０号），新疆维吾尔自治区科学技术委员会更名为新疆维吾尔自治区科学技术厅。自治区科学技术厅是主管科技工作的自治区人民政府组成部门。
职能调整
（一）划入的职能：将原由自治区计划委员会承担的拟定全区民用科学技术发展中长期规划、编制重大科技攻关计划和重点实验室建设计划的职能，交给自治区科学技术厅。
（二）划出的职能：将原自治区科委承担的自治区知识产权工作协调指导小组办公室的工作职能，交给自治区知识产权局。
（三）转变的职能：１、将自治区各类科技计划项目申请受理后的立项论证，以及一般项目的实施过程管理工作 ，交由科技事业单位承担。２、将自治区科技计划重大项目的资金使用审计、实施情况评估工作，交由社会中介组织承担。
主要职责
（一）贯彻执行党和国家关于科技工作的方针、政策、法律、法规。组织研究制定自治区的科技发展战略、规划，以及科技促进经济与社会发展的政策、法规。研究确定全区科技发展的布局和优先领域。会同有关部门、地区推动科技兴行业、科技兴地县的工作和区域科技创新体系建设，提高全区科技创新能力，推动全社会的科技进步和科技事业发展。
（二）编制全区民用科技发展的中长期规划和年度计划，并组织实施，合理配置相应的科技经费。管理国家在新疆实施的重大科技项目。
（三）研究提出推进全区科技体制改革的政策措施；指导、协调自治区各有关部门和各地（州、市）的科技体制改革工作。研究提出加强全区科技创新体系建设的政策措施；组织编制自治区重点实验室等重要科技基础设施的计划；促进科技型中小企业技术创新工作；指导和管理全区民办科技工作。
（四）研究提出多渠道增加科技投入的政策措施，负责归口管理的科学事业费、科技三项费用、科技专项资金和科技发展基金的预、决算及其使用的动态管理；会同有关部门运用行政
、经济手段，加强对科技活动的调控。
（五）负责农村科技示范活动；归口管理高新技术产业开发区并负责高新技术企业的认定工作；会同有关部门组织实施“星火”技术经济开发带建设、“星火”技术密集区的综合改革
；管理国家级和自治区级重点新产品工作。
（六）协同有关部门提出充分发挥科技人员积极性、创造性、促进科技人才成长的政策措施。会同有关部门组织中国科学院和中国工程院院士候选人的遴选、推荐以及有关管理工作。
会同有关部门开展科技管理干部、科研学术带头人和城乡重大经济技术活动的技术带头人的重点培训工作。协同有关部门管理科研系列、实验系列和计算机专业的技术职务评审工作。
（七）按规定管理科技外事工作，会同有关部门审批科技人员的出国（境）以及外国人为科技来访等事项。组织、协调重大的国际科技合作与交流。
（八）推动新疆与其他省（市、区）的科技合作，开展“星火西进”工程、东西部技术市场对接示范试点等东西部科技合作示范活动，会同有关部门组织实施"西部大开发新疆科技合作行动计划"，促进相关产业的技术、人才向新疆转移。
（九）归口管理全区自然科学技术及软科学领域的科技成果、科技奖励、科技保密、技术市场等工作。协调全区科学技术普及工作，推动科普工作发展。指导全区科技咨询和技术服务工作，促进科技咨询、评估等社会中介组织的发展，推动科技服务体系的建立。组织科技人员参与自治区科技、经济、社会发展重大决策的研究、咨询活动。
（十）负责自治区科技信息、科技宣传、科技统计等条件工作。促进自治区科技信息网络建设。
（十一）指导和协调自治区各部门、各地县的科技管理工作。
（十二）代管自治区信息化工作领导小组办公室。
（十三）代管自治区人民政府国家三○五项目办公室。
（十四）承办自治区人民政府和国家科学技术部交办的其他事项。
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