自治区科学技术委员会自1959年成立以来，适应国家及新疆在不同时期的方针政策以及科技、经济、社会发展的需要，其机构设置和职能发生了多次变化。
1.机构沿革
为了加强对全区科技工作的组织管理，经自治区党委和自治区人民委员会批准，新疆于1959年2月成立了自治区科学技术委员会，主任由自治区主席赛福鼎?艾则孜兼任，还有3名副主任、1名秘书长和32名委员。自治区科委下设办公室、农林水牧处、工业交通处、医药卫生处、科技情报室。2～5月，根据“按不同生产部门和不同的科学研究任务成立若干专业领导小组，作为科委的组织部门和有力助手”（自治区党委文教部在向自治区人民委员会提出的《关于自治区科学技术委员会组织机构的建议》）的精神，经自治区科委建议，先后成立了农业、冶金、石油、化工、邮电、铁路、畜牧兽医、轻工、地质、气象、交通、机械、电力、广播、医药卫生、建筑、林业、煤炭、建设、“519”队等20个专业领导小组。自治区科委专业领导小组的成立，加强了科技管理工作（在1961年精简机构时，各专业领导小组均被撤销）。同年7月，根据自治区人民委员会的指示，将原属自治区商业厅商政科管理的计量工作划归自治区科委管理，成立了自治区科委计量管理处。11月，《新疆科技报》创刊（1961年8月停刊）。年底，自治区科委设立综合计划处。
1960年10月，新疆科技学校(中专)建立(1961年8月撤销)。同年，自治区科委成立条件处及科学用品服务处。
1961年4月，自治区科委科技情报室与中国科学院新疆分院情报室合并。到1961年12月，自治区科委有6处2室，即办公室、工业交通处、农林水牧处、医药卫生处、综合计划处、标准计量管理处、条件处、科技情报室(含新疆分院情报室)等。
1962年9月，为贯彻中共中央关于“调整、巩固、充实、提高”的方针，精简机构和人员，自治区党委和自治区人委决定自治区科委、自治区科协和中国科学院新疆分院合署办公，行政处室合并，业务处（室）仍按原样分设。办公地址由乌鲁木齐市人民路迁至北京南路现址。这个时期，科委有正、副主任3名，正、副秘书长2名，内部机构设置有办公室(含综合计划组)、人事保卫处、农牧医药卫生处、条件处、行政管理处、党团机构；直属事业单位有标准计量处(含计量试验工厂)、科技情报室、图书馆。
1963～1964年，自治区科委的内部机构设置有办公室、行政处、人事处(含1964年12月成立的科技干部管理处)、工业交通处、农牧医药卫生处、条件处，直属事业单位有标准计量管理处、科学用品服务处、科技情报室、民族研究所(业务归自治区党委宣传部领导，日常工作归自治区科学党组领导)。
1966年5月“文化大革命”开始，1967年1月发生的夺权“风暴”使自治区科委被迫停止行使职权，自治区科协和中国科学院新疆分院也处于瘫痪状态。不久，中国人民解放军新疆军区毛泽东思想宣传队进驻自治区科委。
1970年5月自治区科委革委会成立，具体负责原自治区科委、科协和中国科学院新疆分院的工作。自治区科委革委会设主任、副主任，下设政工组、生产指挥组、办事组。
1971年12月，自治区科委革委会改称为自治区革委会科技局，其行政领导机构为领导小组，设正、副组长。自治区革委会科技局受自治区革委会生产指挥组领导，管理全区科学技术规划、科学试验、新技术推广普及等工作。科技局设政工组、业务组、办事组，直属事业单位有标准计量管理处、科学用品服务处、民族研究所、科技情报室、地震大队。
1972年自治区科委情报室工作开始恢复，并筹建印刷厂。
1973年9月，自治区党委决定撤销自治区革委会科技局，恢复自治区科委。自治区科委设主任、副主任、秘书长和顾问，机关内部设办公室、政治处、计划条件处、工业交通处、农牧医药卫生处、群众科学实验处。
1975年1月，自治区人民政府批准在原自治区科委情报室的基础上，成立新疆科技情报研究所（新疆科技情报研究所印刷厂也同时成立，至1997年改为自治区科委印刷厂）。同月，自治区科委成立了直属单位工作处。5月，国家地震局新疆地震大队与自治区地震工作领导小组办公室合并，成立自治区地震办公室(二级局)，受国家地震局和自治区科委双重领导。
到1975年底，自治区科委直属单位有标准计量管理处、新疆科技情报研究所、自治区地震办公室、新疆物理研究所、新疆化学研究所、新疆生物土壤沙漠研究所、新疆民族研究所、新疆环境保护研究所、图书馆。
1976年12月，新疆科学器材服务处成立，隶属于自治区科委。
1978年3月，中国科学院新疆分院恢复，原属于该院的地理研究所、化学研究所、生物土壤沙漠研究所、物理研究所、图书馆重新划归该院管理。同月，撤销自治区科委群众科学试验处，恢复自治区科协。4月，自治区党委决定成立自治区标准计量局，统一管理全区的标准化、计量工作。8月，新建了新疆太阳能利用研究所（1984年更名为新疆新能源研究所）、新疆电子计算中心、新疆分析测试中心（1991年2月增挂新疆分析测试研究所的牌子），作为自治区科委直属的事业单位。10月，撤销自治区地震办公室，成立自治区地震局(一级局)，由国家地震局和自治区革委会双重领导。
1979年11月，自治区人民政府将自治区标准计量局分设为标准局和计量局(一级局)，自治区计量局为自治区人民政府直属机构（1983年计量局改为二级局，归口自治区科委管理）。12月，《新疆科技报（汉文版）》复刊。
到1979年底，自治区科委设有办公室(含科技外事工作)、政治处、计划条件处（含科技成果推广和科技管理工作）、工业交通处、农牧医药卫生处，直属事业单位有新疆科技情报研究所、新疆环境保护科学研究所（1980年2月移交自治区环境保护局）、新疆科学器材服务处、新疆太阳能利用研究所、新疆电子计算中心、新疆分析测试中心、新疆科技报社。
1980年12月，自治区科委设立调查研究室（1983年撤销，改为调研组、并入科委办公室至1986年）。
1981年4月，自治区科委成立27个专业组。专业组的任务是：调查研究党的科技方针政策的贯彻执行情况，检查指导本专业、学科的研究工作，组织协调研究任务，研究掌握国内外科学技术发展方向，提出本专业本学科发展方向、任务和重大措施等。5月，自治区科委召开各专业组正副组长会议，给专业组全体成员颁发聘书（1981～1983年各专业组开展了一些活动）。
1982年12月，自治区科委设立科技管理处，负责科技成果与发明创造的鉴定、奖励和推广工作。
1983年5月，自治区党委任命自治区科委新的领导班子。11月，自治区科委撤销政治处，成立机关党委和人事处。同月，自治区人民政府成立科技协作领导小组，领导小组办公室设在自治区科委（至1985年）。
1984年3月，自治区科委成立新疆科技开发交流中心（1986年4月增挂自治区星火计划办公室的牌子，1994年增挂自治区科技协作办公室的牌子）。5月，自治区人民政府决定成立“新疆维吾尔自治区推广应用计算机领导小组”及“新疆维吾尔自治区推广应用计算机领导小组办公室”（办公室由自治区科委代管，1985年11月升为二级局建制）。6月，成立科技情报处（与新疆科技情报研究所一套班子、两块牌子）。9月，自治区党委决定：为了加强对科技协作工作的领导，自治区科委参加自治区经济技术协作办公室的工作；具体科技协作项目，由新疆科技开发交流中心办理。11月，自治区科技干部管理局(二级局建制)正式成立，作为自治区党委、自治区人民政府统一管理全区科技干部(包括社会科学)的职能部门，其日常工作归自治区科委管理；科技外事工作从办公室划出，独立设置外事处。
1985年3月，国家305项目（“加速查明新疆矿产资源的地质、地球物理、地球化学综合研究”）委员会及自治区人民政府国家305项目办公室成立；自治区人民政府国家305项目办公室由自治区科委代管。同月，自治区人民政府批准建立自治区专利管理处（1991年8月更名为自治区专利管理局），作为自治区的专利管理机构，受自治区科委领导；批准设立新疆专利服务中心，归自治区科委领导，主要承担全区专利代理、专利文献服务、专利技术开发和专利咨询服务等工作。
到1985年底，自治区科委的机关处室有办公室、机关党委、人事处、计划条件处、工业交通处、农牧医药卫生处、科技管理处、科技情报处、科技外事处、专利管理处，代管及直属的事业单位有自治区科技干部管理局、自治区推广应用计算机领导小组办公室、自治区人民政府国家305项目办公室、自治区计量管理局、新疆科技情报研究所（挂有自治区科委情报处的牌子）、新疆科学器材服务处、新疆新能源研究所、新疆电子计算中心、新疆分析测试中心、新疆科技开发交流中心、新疆科技报社、新疆专利服务中心。
1986年3月，自治区科委成立新疆科技政策研究所。其方向任务是：研究新疆科技发展战略与政策、科技体制改革，提出促进本区科技发展的政策措施，为各级领导部门制定方针政策提供理论依据与决策信息，并组织承担自治区中长期科技发展规划的研究、重大科技项目的前期论证与评价，以及软科学研究，承担新疆科技志的编纂工作等。12月，自治区科委决定将计划条件处改为计划处，增设条件财务处。
1989年3月，经自治区人民政府批准，成立了自治区技术市场管理办公室。该办公室设在自治区科委（挂靠在专利管理处至1990年10月），负责全区技术市场的日常管理工作。
1990年2月，自治区科委设立老干部工作科，统一负责科委机关离退休干部和工人的管理服务工作。4月，自治区科技干部管理局与自治区人事厅合并，全区的科技干部管理工作划归自治区人事厅。10月，自治区科委设立科技成果管理处（自治区技术市场管理办公室开始挂靠在该处），负责全区科技成果和技术市场的管理工作。
1991年12月，自治区党委决定成立自治区科技兴新领导小组办公室、自治区专家顾问团办公室，这两个办公室均设在自治区科委。
1992年5月，自治区科委设立生活服务处。其主要职能是：为科委机关及科委直属事业单位的工作提供后勤保障，为机关职工生活提供服务，由新疆科技开发交流中心负责房地产、公产、食堂、俱乐部、浴池、锅炉房、油库等的管理工作。11月，自治区星火计划办公室由新疆科技开发交流中心移交自治区科委农牧医药卫生处。
1993年2月，根据自治区人民政府的统一部署，自治区科委设立审计处（一度为自治区审计局派驻机构），以加强审计监督工作，及时发现和纠正违纪情况，更加合理有效地使用科技经费。
1994年4月，自治区科委在工业交通处增设自治区火炬计划办公室，在科技管理处增设新疆民营科技企业管理办公室。9月，新疆无形资产评估事务所成立（隶属于自治区专利管理局，主要职能是面向全区开展无形资产评估工作）。
到1995年底，自治区科委的机关处室有办公室、机关党委、人事处、计划处、工业交通处（含自治区火炬计划办公室）、农牧医药卫生处（含自治区星火计划办公室）、科技管理处（含自治区民营科技管理办公室）、科技外事处、科技成果管理处、自治区技术市场管理办公室、审计处、老干部工作科；代管及直属的事业单位有自治区人民政府国家305项目办公室、自治区推广应用计算机领导小组办公室、自治区计量管理局、自治区科技兴新领导小组办公室、自治区专家顾问团办公室、自治区专利管理局、生活服务处、新疆科技情报研究所（挂有自治区科委科技情报处的牌子）、新疆科学器材服务处、新疆科技政策研究所、新疆新能源研究所、新疆电子计算中心、新疆分析测试中心、新疆科技开发交流中心、新疆科技报社、新疆专利服务中心、新疆无形资产评估事务所。
1996年自治区开始政府机构改革。4月，自治区科技兴新领导小组办公室更名为自治区科技兴新办公室，仍设在自治区科委；自治区科委的生活服务处更名为机关服务中心；自治区专利管理局由自治区科委内设行政机构改为隶属于自治区科委管理的事业单位。7月，在自治区标准局和自治区计量局合并的基础上设置的自治区技术监督局正式挂牌成立，成为主管全区标准化、计量和质量监督工作的职能部门，是自治区人民政府的直属机构。同月，新疆维吾尔自治区推广应用计算机领导小组及新疆维吾尔自治区推广应用计算机领导小组办公室分别更名为新疆维吾尔自治区信息化工作领导小组及新疆维吾尔自治区信息化工作领导小组办公室，自治区信息化工作领导小组办公室仍由自治区科委代管。同月，自治区科委成立自治区技术市场与民营科技管理办公室，并撤销了原增挂在自治区科委科技管理处的自治区民营科技管理办公室和新疆科技开发交流中心的自治区科技协作办公室的牌子，撤销原自治区技术市场管理办公室。
经过1996年的政府机构改革，自治区科委设置的处室（包括名称及职能）发生了较大变化。自1997年开始，自治区科委设立的处（室）为办公室、人事教育处、政策法规与体制改革处、综合计划处、条件财务处、科技成果处、国际科技合作处、基础研究与高技术处、工业科技处（自治区“火炬”计划办公室）、农村科技处（自治区“星火”计划办公室）、社会发展与科普工作处、机关党委、纪检监察室、老干部管理处；代管的事业单位有自治区人民政府国家305项目办公室、自治区信息化工作领导小组办公室，直属的事业单位有自治区科技兴新办公室、自治区专家顾问团办公室、自治区专利管理局、自治区技术市场与民营科技管理办公室、机关生活服务中心、新疆科技情报研究所（至1998年挂有自治区科委科技情报处的牌子）、新疆科学器材服务中心、新疆科技政策研究所、新疆新能源研究所、新疆电子计算中心（1997年8月增挂新疆计算机应用研究所的牌子）、新疆分析测试中心（新疆分析测试研究所）、新疆科技开发交流中心、新疆科技报社、新疆专利服务中心、新疆遥感中心（1999年4月正式成立），以及自治区科委招待所、自治区科委印刷厂；其中，自治区信息化工作领导小组办公室、自治区科技兴新办公室、自治区专利管理局、自治区技术市场与民营科技管理办公室依照国家公务员制度管理。新疆无形资产评估事务所于1999年８月完成脱钩改制工作，转制为新疆信德无形资产评估事务所（企业）。
为了加强对全区科技工作的指导和协调，到1999年底，在自治区科委还设有自治区科技领导小组办公室、自治区高新技术产业发展领导小组办公室、自治区CAD应用工程协调领导小组办公室、自治区科普工作联席会议办公室等机构。此外，自治区知识产权工作协调领导小组办公室也设在自治区科委。
2.职能变化
1959年自治区科委成立时，自治区党委明确指出：自治区科委是自治区党委领导全区科技工作的办事机构，是自治区人民委员会管理全区科技工作的综合部门；受自治区党委和自治区人民委员会的委托，自治区科委领导中国科学院新疆分院、自治区科协等专业研究机构和群众团体；自治区科委的主要任务是贯彻执行党和政府的方针、政策，组织有关科学技术力量为自治区的生产建设服务。
根据国家科委《关于省、市、自治区科委任务的暂行规定》，新疆科委的主要职能于1962年明确为：⑴贯彻执行党和政府在科学技术工作方面的方针、政策；⑵组织有关部门和科技人员研究和讨论技术政策、技术措施，并提出建议；⑶组织编制和审核自治区科学技术发展计划；⑷组织科研机构、生产部门和学校之间在科研、试验、试制工作方面的协作；⑸管理自治区科研机构，协助管理国务院各部门在新疆的研究机构；⑹协调有关部门进行自治区科学研究队伍的组织建设工作和思想政治工作；⑺组织有关部门进行科学技术研究成果的总结、鉴定、登记工作；⑻检查督促自治区有关单位执行国家新产品试制计划，协同有关部门审核自治区的新产品试制计划，组织鉴定重要的新产品；⑼检查督促有关部门对国家标准、部颁标准和企业标准在自治区的贯彻执行；⑽管理计量机构；⑾管理自治区科学技术情报、资料工作和科学技术保密工作；⑿编制自治区科委所属机构和直接掌握的研究项目的基本建设、人员、经费、物资、器材计划，会同有关部门审核本地区科学研究机构和基本建设、人员、经费、物资、器材计划；⒀指导自治区科学技术协会的工作，推动自然科学专门学会的学术活动，组织群众性的科学技术试验研究和普及工作；⒁管理指定的研究机构的党组织；⒂办理自治区党委、自治区人民委员会和国家科委、西北局科委指定的其他工作。
1978年3月，自治区党委在《关于加强自治区科学技术委员会的决定》中指出：自治区科委是在自治区党委、自治区革委会直接领导下归口管理全区科技工作的综合部门，既是自治区党委领导科技工作的办事机构，又是自治区革委会掌管科技工作的职能机构。其具体任务是：⑴贯彻毛主席的革命科技路线，执行党和国家有关科技工作的方针和政策，进行调查研究，随时将贯彻执行情况向自治区党委、革委会和国家科委反映或提出建议；⑵组织制订自治区科技发展长远规划和年度计划，作为自治区国民经济计划的一个重要组成部分，并检查实施情况；⑶组织需要各部门、各地州市参加的重大科研任务的分工协调，组织军用科研与民用科研之间的协调；⑷组织科技成果发明创造的鉴定、登记、奖励和推广应用；⑸研究并组织解决自治区科技队伍的培养提高和管理使用问题；⑹研究并组织解决自治区科研工作条件问题，如情报、图书、仪器设备、化学试剂等；⑺遵照国家的统一安排，管理自治区科技交流外事活动，包括接待外国科学家来新疆访问，派遣人员出国考察、学习，参加国际学术活动等；⑻指导地、州、市科学技术委员会和各部门科技管理机构的工作。
1983年12月，自治区科委从新疆实际出发，提出了“以开发研究为主，以生产技术研究为主，以引进技术为主”的发展新疆科学技术的原则，作为因地制宜地贯彻全国科技发展方针的政策性措施。全区各级科技管理部门的工作重点随之发生了一些变化。
1984年9月，自治区党委在关于加强科技工作的决定中提出：各级党委、政府要加强对科技工作的领导；成立自治区科学技术顾问团；加强科技干部管理工作，成立科干局；建立健全各级科技管理机构；成立地(州、市)、县科技开发服务站；大力加强科技成果的推广应用工作；努力做好与区外的科技协作工作，开展与国家有关部门和兄弟省、市、自治区的科技协作；积极开展微型计算机推广应用；扩大科技经费来源，管理和使用好科技经费，促进科技事业发展；积极进行科技体制改革。
1985年12月，自治区科委在《关于自治区科委工作职能的报告》中，对自治区科委的性质和职能作了概括。“报告”指出：自治区科委是自治区人民政府管理全区科技工作的综合职能机构，是自治区党委领导科技工作的参谋和助手；自治区科委在业务上受国家科委指导，并对各地(州、市)县以及自治区各厅局、高等学校和中央在疆的科研单位、生产建设兵团科研单位的科技工作实行业务指导；会同自治区党委组织部领导自治区科技干部管理局，其日常工作由自治区科委主管；领导自治区计量管理局；受自治区党委委托，自治区科委党组代管自治区科协工作；受自治区人民政府的委托，领导自治区推广应用计算机领导小组办公室。“报告”提出，自治区科委的职能是：⑴组织贯彻党中央、国务院和自治区党委、自治区人民政府有关科技工作和科技体制改革的路线、方针、政策、指示和决议；⑵研究科学技术发展战略和技术政策；⑶会同自治区计委编制并管理自治区科技发展规划和年度计划；⑷对自治区科技计划和重点项目组织协调实施并督促检查；⑸管理科技情报工作；⑹组织管理科技条件保证工作；⑺管理科技成果工作；⑻会同有关部门制订有关技术市场管理法规，管理技术市场工作；⑼管理全区科研机构工作；⑽贯彻执行国家和自治区有关科技法规、法令和条例，提出自治区有关科技法规和建议；⑾管理科技统计工作；⑿管理专利工作；⒀管理科技外事活动；⒁管理科技干部工作，落实知识分子政策以及人才交流、专业技术职务评定、科技人才引进和留学生派遣、大学生分配等工作。
1996年4月，在自治区级党政机关、机关后勤和事业单位机构改革中，自治区党委、自治区人民政府对自治区科委的职能转变提出了明确要求：自治区科委要把工作重点集中到科技发展战略、方针、政策、法规和规划的制定上来；加大对国民经济和社会发展有重大影响、跨部门、多学科、综合性强的科技工作的宏观调控力度；抓好科技体制改革；协调各部门、各地方、各主要行业的科技工作；围绕经济建设的重点、难点问题组织科技攻关，进一步加强科技成果向现实生产力转化工作，推进科技经济一体化；简化科技开发企业和民办科技机构的审批手续，逐步实行登记制；在编制自治区各类科技计划时加大指导性计划，将一般性项目的组织实施交由有关的部门和地区负责；简化科技成果鉴定手续，对于已通过技术市场实现转化的成果实行直接登记制度；推行技术合同登记授权制度，对具备条件的地区，技术市场管理权交给所在地区管理；从部门管理转向行业管理和社会管理，把属于辅助性、技术性、服务性的职能交给事业单位或社会服务组织，将研究开发、生产经营、经费使用、机构设置、人员聘用、经营方式选择等权利下放给科研机构。
与此同时，自治区人民政府明确指出，自治区科委是自治区人民政府综合管理全区科技工作的职能部门，其主要职责有10个方面。⑴贯彻落实党和国家关于科技工作的方针、政策、法规，制订自治区的科技发展战略、规划和科技政策、法规，会同有关部门拟定科技体制改革方案和措施，协同有关部门运用行政、经济手段，加强对科技工作的调控，推动科技事业的发展和全社会的科技进步。⑵研究分析科技促进经济、社会发展的重大问题，组织制定全区科技发展远景规划、五年计划和年度计划，并组织实施；合理配置科技经费和管理科技条件工作；管理国家在新疆实施的重大科技项目；负责全区的科技统计工作。⑶会同有关部门管理全区的科研院所，提出科技机构的结构布局意见，推进科技机构的改革与发展；指导和管理全区民办科技工作；归口管理自治区高新技术产业开发区以及高新技术企业的认定工作。⑷归口管理全区自然科学技术及软科学的科技成果，组织科技成果的鉴定、奖励以及重大科技成果的推广、保密工作；组织实施《技术合同法》，会同有关部门管理和培育技术市场，推动科技成果的转移和转化工作；会同有关部门制订自治区新产品和中试产品的优惠政策。⑸管理科技外事工作，会同有关部门审批科技人员的出国等事项；组织重大的科技协作与技术交流；协同有关部门组织技术出口、技术引进和消化吸收创新工作。⑹归口管理全区的科技信息、科技咨询和技术服务工作，推动与科技进步相关的第三产业的发展；组织科技人员参与自治区科技、经济、社会发展重大决策的研究、咨询活动；会同有关部门、地区推动科技兴行业、科技兴地县的工作。⑺参与制订有关科技人员的政策、法规；组织实施对有突出贡献的科技人员的重奖；组织全区科技管理干部、科技人员以及城乡经济活动技术带头人的培训工作；协同有关部门管理科研、实验系列和计算机专业技术职务评审工作。⑻组织实施《专利法》，管理全区专利工作；承办全区知识产权保护的协调、指导工作。⑼协调自治区各部门、新疆生产建设兵团以及中央驻疆单位的科技工作；协同有关部门推动行业的科技进步。⑽承办自治区人民政府交办的其它事项。
根据上述主要职责，自治区科学技术委员会设11个职能处（室）。⑴办公室：负责委机关的综合协调、会议组织、公文处理（包括翻译）、秘书事务、信息综合、督查督办、信访接待、提案办理、重要文件起草、档案管理和机要保密工作以及信息管理网络建设工作；组织制订委机关的规章制度，负责机关财务和全委资产（包括房产）、基建、后勤等管理工作；负责科技宣传和本委的新闻发布；指导《科技志》编修工作；承办内宾接待工作。⑵人事教育处：负责委机关干部以及直属单位领导干部的管理，承办归口管理单位干部管理事项；负责全委的机构编制、劳动工资、职称改革、职工业务培训以及人事档案等工作；协同有关部门组织自治区科研系列、实验系列和计算机专业的职称评审工作；会同有关部门组织、协调全区科技系统的岗位培训和继续教育工作，组织少数民族科研带头人和中青年科技骨干的重点培训工作；负责全委保卫工作和计划生育工作。⑶政策法规与体制改革处：组织制订自治区科技发展战略；会同有关部门研究制订科技政策；参与制订有关科技人员政策；管理全区软科学研究工作；组织制订地方科技法规并监督实施；负责协调、指导全区知识产权保护工作；研究制订科技体制改革的总体方案和政策性措施，指导、协调部门和地方科技体制改革工作，组织科技体制改革的试点工作。⑷综合计划处：制订自治区科技发展规划和五年计划；负责发布科技项目指南，组织编制自治区科技发展年度计划；监督实施自治区科技攻关、重点科技研究、软科学研究、自然科学基金、“星火”计划、“火炬”计划、重点成果推广、科技扶贫等项目；会同有关部门制订自治区新产品和中试产品的优惠政策，编制相应的自治区新产品试制（鉴定）计划；会同有关部门对全区科技事业发展进行宏观管理；协同有关部门编制科技基建计划；指导、协调全区地县科技工作，协同有关部门管理全区科技副县（市）长工作；负责全区科技指标制定、科技统计和统计分析工作；会同有关部门对科技经费使用情况进行审计。⑸条件财务处：负责科技经费的财务管理，会同有关单位实施全区科技拨款制度的改革；研究制订自治区科技资金投入、科技条件保障、科技财务管理等方面的政策、规章；指导科技系统的国有资产管理工作；组织实施自治区科研院所重点装备、中试基地建设项目；管理自治区科研仪器、设备、物资等条件工作。⑹科技成果处：研究制订科技成果管理和转化的政策、法规，管理重要科技成果的鉴定、登记、评选、奖励、推广工作；会同有关部门办理全区出口技术的审查工作；负责自治区重大技术成果的保密工作。⑺国际科技合作处：管理自治区科技外事工作，按有关规定参与全区科技合作与交流团组、个人的出国审批工作；负责办理国际的官方科技合作协议事宜；组织实施重大的国际科技合作与交流，协调重要的国际民间科技交流活动。⑻基础研究与高技术处：组织制订自治区基础性研究以及高技术发展的政策、法规，提出基础性研究和高技术发展的项目指南；组织实施自然科学基金项目和国家863计划项目；指导、协调全区高校科技工作，管理基础性研究工作；负责协调全区重点实验室和开放实验室的运行和管理；指导和协调重点研究机构的工作；会同有关部门组织中国科学院和中国工程院院土的遴选、推荐及有关管理工作。⑼工业科技处（自治区“火炬”计划办公室）：会同有关部门研究制订自治区工业技术政策和高技术产业化政策、法规；指导、协调全区工业各行业、领域的科技工作，协同有关部门推动工业企业的技术进步；提出自治区工业科技项目和“火炬”计划项目指南，推荐并组织实施自治区科技计划的工业项目和“火炬”计划项目；会同有关部门管理高新技术产业开发区，负责高新技术企业的认定工作；会同有关部门组织实施高新技术产业开发区的综合改革。⑽农村科技处（自治区“星火”计划办公室）：会同有关部门研究制订自治区农村科技发展的政策、法规；协同有关部门推动农村的科技进步；负责提出自治区农业科技项目和“星火”计划项目指南；推荐和组织实施自治区科技计划的农业项目和“星火”计划项目；会同有关部门组织实施“星火”技术经济开发带的建设，组织实施“星火”技术密集区的综合改革，负责全区科技扶贫和农村科技示范工作。⑾社会发展与科普工作处：会同有关部门研究制订自治区依靠科技促进社会发展的政策、法规；指导、协调自治区环境、资源、人口、灾害防御、城乡建设、医药保健等社会发展领域的科技工作；负责提出自治区社会发展领域的科技项目指南；推荐并组织实施自治区科技计划的社会发展项目和“21世纪议程”的项目；负责社会发展综合试验区工作；组织、协调全区科学技术普及工作。
同时，自治区科委设有机关党委、纪检监察室、老干部管理处。机关党委：负责委机关、直属单位、归口管理单位的党群和思想政治工作，负责委系统的精神文明建设工作，管理、指导全区民办科技机构和民营科技企业的党组织工作。纪检监察室：负责委机关、直属单位、归口管理单位的党纪和行政监察工作。老干部管理处：负责科委机关离退休干部、工人的管理服务工作。
到1999年底，自治区科委的科技管理工作同改革开放初期相比，发生了较大的变化：⑴适应科技和经济发展的需要，在继续抓好科技项目管理的同时，注重全国科技发展方针和有关政策的贯彻执行，抓好科技工作的宏观管理，使科学技术与经济建设相结合，促进科技、经济、社会的协调发展；⑵科技管理重点开始从行政管理型向服务管理型转移，注重依靠政策开拓科技事业，以政策为依据去取得领导支持，动员和组织科技队伍，协调与经济部门及其它部门的关系；⑶改变封闭式的部门管理，在自治区党委、自治区人民政府的领导下，同各有关部门共同承担起推动区域科技进步的任务，在制订各项深化科技体制改革的具体政策时，注意加强同计划、财政、金融、税务、工商行政管理、人事、监察、审计、司法等有关部门的联系和协调，取得他们的理解和支持；⑷根据精简、统一、效能的原则进行机构改革，在逐步建立办事高效、运转协调、行为规范的行政管理体系的同时，积极实行政事分开，扩大并落实研究与开发机构的自主权。 |
