根据《自治区党委、人民政府关于自治区党委和自治区人民政府机构设置的通知》（新党委字〔2000〕20号），新疆维吾尔自治区科学技术委员会更名为新疆维吾尔自治区科学技术厅。科技厅各处室职能如下：
（一） 办公室
负责机关政务协调、会议组织、公文处理（包括翻译）、秘书事务、信息综合、有关文件起草、督查督办、信访接待、提案办理、科技宣传、档案管理、机要保密和本厅的科技信息网络管理工作与新闻发布；负责机关财务和资产管理工作；承办内宾接待工作。管理本厅房地产工作，指导和协调机关后勤管理与服务工作。组织地方科技史志的编修工作。
（二）人事教育处
按照干部管理权限，负责机关及直属单位的干部队伍建设、人事管理、劳动工资、社会保障和机构编制工作以及相应的业务培训和人事档案管理等；组织、协调全区重点科技培训工作；协同有关部门组织自治区科研系列、实验系列、计算机专业的职称评审工作；负责机关并指导直属单位的安全保卫工作和计划生育管理工作。
（三）政策法规与体制改革处
组织拟定科技发展的政策、法规、规章和促进科技与经济结合的相关政策措施，推动科技与经济结合；负责科技法规普及并监督实施。参与制定有关科技人员政策；会同有关部门制定科技体制改革的政策措施，指导、协调全区的科技体制改革工作，组织科技体制改革试点工作。管理全区软科学研究工作。
（四）综合计划处
组织编制自治区民用科技发展中长期规划；发布科技计划项目指南，组织编制自治区各类科技发展计划、科技开发计划指南和自治区级重点实验室建设计划；组织实施自治区科研院所中试基地建设项目；提出自治区各类科技计划的协调、综合平衡和相应经费配置的方案，监督检查重大科技项目的组织实施情况；会同有关部门制定自治区新产品和中试产品的优惠政策；指导、协调全区地县科技工作，协同有关部门管理科技副县（市、区）长工作。负责全区科技统计工作。会同有关部门对科技经费使用情况进行审计。
（五）条件财务处
会同有关部门研究制定增加科技投入的政策措施并组织落实；负责编制归口管理的科学事业费、科技三项费用。
科技专项基金和科技发展基金的预、决算；推动科技经费的财务改革和会计制度的实施工作，对经费的使用管理进行监督；研究制定自治区科研条件保障方面的政策措施和规划；指导和管理全区实验动物、大型科研仪器装备与协作共用工作；监管厅属单位的国有资产。
（六）国际科技合作处
研究制定自治区国际科技合作与交流的政策措施；按有关规定负责全区科技合作与交流团组、个人的出国(境）以及外国人为科技来访的审批工作；负责办理国际官方科技合作协议的有关事宜；组织实施重大的国际科技合作与交流；协调重要的国际民间科技交流活动。承办本厅的科技外事活动的接待、翻译工作。
（七）社会发展与基础研究处
研究提出自治区基础性研究和依靠科技促进社会发展的政策措施、规划，组织实施“21世纪议程”项目、科技计划的社会发展项目、自然科学基金项目、863计划项目；负责协调全区重点开放实验室的运行和管理；指导、协调全区高校、重点基础性研究机构以及自治区环境、资源、人口、灾害防御、城乡建设、医药保健等社会发展领域的科技工作；提出并指导、协调自治区重点实验室和重大科学工程的建设。指导、协调社会发展综合实验区工作。会同有关部门组织中国科学院和中国工程院院士的遴选、推荐及有关管理工作。
（八）高新技术发展及产业化处
研究提出自治区高新技术发展及产业化的政策措施、规划。指导、协调全区工业领域的科技工作和高新技术发展工作，协同有关部门推动工业企业的技术进步；组织实施科技计划的工业项目、“火炬”计划项目和中小企业科技创新工程。会同有关地方和单位管理高新技术产业开发区和高新技术园区，负责高新技术企业的认定工作；推动工业领域的科技体制改革工作和生产力促进中心等技术服务体系的建设。承担自治区高新技术产业发展领导小组办公室的日常工作。
（九）农村科技与城乡科普处
研究提出依靠科技促进农村发展的政策措施、规划。组织实施农村重大科技攻关计划、“星火”计划和科技扶贫项目。组织、协调农村重大科技产业的示范；会同有关部门组织实施“星火”密集区和“星火”技术经济开发带的建设，培育“星火”龙头企业，推动乡镇企业的技术创新。指导农村科技服务体系建设。协调全区城乡科学技术普及工作。
（十）机关党委
负责厅机关和直属单位、代管单位的党群工作和精神文明建设的组织、协调工作。管理、指导归口管理的自治区民办科技机构（企业）的党组织工作。
(十一)纪检组监察室
负责厅机关和直属单位、代管单位的纪律检查和政府行政监察工作。纪检组与监察室合署办公，一个机构两块牌子，履行党的纪律检查和政府行政监察职能。
(十二)老干部工作处
负责科技厅机关离退休人员的管理和服务工作，指导直属单位离退休人员的服务工作，管理老干部活动中心。
（十三）自治区技术市场与民营科技办公室（自治区科技成果管理办公室）
研究提出促进科技成果转化和发展技术时常、促进“东西科技合作”、推动民营科技发展的有关政策措施，制订自治区科技成果鉴定、登记、评选、奖励、技术保密的管理办法并组织实施。负责自治区科技奖励工作。负责自治区科技档案的管理和科技成果保密工作。管理全区技术贸易、技术合同登记、技术合同仲裁等工作。承办全区“东西科技合作”的有关工作。负责全区技术市场统计分析工作。
（十四）自治区科技兴新办公室
贯彻落实科教兴国的方针、政策、法规，拟订自治区科技兴新规划和政策、法规，组织实施科教兴新战略中的科技兴新工作；负责科技兴地县、科技兴行业的组织协调工作及考核、评比工作；编制科技兴新项目年度计划，组织实施科技兴新项目；组织科技兴新培训、宣传。
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